הספר "האלים באים" עוסק באחת החידות הגדולות ביותר של התפתחות החברה האנושית, והיא תחילת ההיסטוריה והתרבות, הקמת הערים והמדינות הראשונות, יש מאין, לפני כ-5,500 שנה. במשך אלפי שנים חיו בני אדם בכפרים, עיבדו את האדמה ועבדו את האלה אם. תרבות האלה הקדומה אופיינה בהרמוניה, שגשוג ושלום, הערכים שלה היו אחריות ומודעות, החברה הייתה שוויונית, ומעגל קבלת ההחלטות היה משותף. ואז, בתפנית לא מובנת של ההיסטוריה, בני אדם החלו לחיות בערים בהנהגתם של מלכים כוהנים. הם פיתחו את הדת והחוק, את הכתב והלמידה, את הסחר הבינלאומי והרדיפה אחר עושר. הם החלו לזהות את עצמם עם תרבויות וערי ממלכה, אלים וגיבורים, לבקר במקדשים, לקנות מוצרים בשווקים ולהסתמך על אחרים. הם החלו לשלם מיסים ולהתמחות במקצוע כזה או אחר תמורת שכר. כל המהלכים הגדולים הללו אינם מובנים מאליהם. 
השינוי מופיע בצורה בולטת בארץ ישראל, ובעקבותיו יש אלפיים שנות היסטוריה, לא מוכרות לקהל הרחב, של קיום ערים גדולות, מפעלי בנייה כבירים, תרבות כנענית מתקדמת, עד לזמן יציאת מצרים והתיישבות שבטי ישראל. על התקופה המופלאה והחשובה הזו בא לספר הספר שלפניכם: על ההתפתחויות במצרים ושומר, הערים הקדומות שהתגלו בארץ ישראל, המקדשים העתיקים, ערי הענקים בגולן, התפתחות האמונה הכנענית, הופעת ההיקסוס, השלטון המצרי ועוד. הטענה של הספר היא שכל זה קרה בהשפעת והשראת האמונה באלים.